Lyx et Zotero, ça se complique…

1006157-gfLors de mes premiers pas avec Lyx, j’avais été enthousiasmé par son module de gestion de bibliographie. Porteur de belles promesses, il me faisait envisager des lendemains qui chantent en matière de gestion bibliographique. Souvenez-vous, j’étais alors plein d’enthousiasme malgré quelques inquiétudes initiales et pensais sincèrement pouvoir marier Lyx et Zotero. Las…

Une fois l’enthousiasme retombé (et les mains dans le vif du sujet), il m’a fallu déchanter : impossible de lier les deux logiciels de manière intuitive. Pire, l’exportation de ma bibliographie Zotero vers Lyx s’entache d’erreurs de formatage (vous savez, quand votre “é” se transforme en “@$”). Si ces deux problèmes peuvent être résolus, le troisième et avant-dernier bloque tout : logiciel anglo-saxon prévu pour les sciences naturelles, il nécessite de savantes contorsions informatiques pour pouvoir adapter le module de bibliographie aux normes SHS françaises. Enfin, le dernier problème n’est pas le moindre : la synchronisation automatique des fichiers via ma Dropbox octroie des chemins d’accès différents à mes documents. Du coup, tel document ouvert sur un ordi ne pourrait voir sa bibliographie affichée sur un autre…

ô rage ! ô désespoir ! ô vieillesse ennemie (remplacé ici par : ô incompétence informatique ennemie) !
N’ai-je donc tant vécu que pour cette infamie ?

Au bout du compte, un compromis existe et je vais ici vous le détailler. Pour ceux qui veulent directement le connaître sans passer par l’étape “description des problèmes”, vous pouvez directement aller au fond du billet trouver la solution. Pour ceux qui veulent comprendre les enjeux (voire y contribuer), qui ont essayé de gérer leur bibliographie via Lyx,  je vous détaille tous les écueils que j’ai rencontré, avec les liens idoines.

Zotero et Lyx, les Roméo et Juliette de l’informatique ?

Il n’entre pas dans mon propos de présenter ici Zotero. Je vous renvoie à l’excellent blog La boite à Outils des Historiens de Franziska Heimburger et Émilien Ruiz, tout particulièrement àcaricature-citation2

leur dernier tutoriel sur le sujet
. Je vais me borner à rappeler qu’il s’agit d’un logiciel open source de gestion de bibliographie développé par le Center for History and News Medias. Et que sa facilité d’emploi n’a d’égale que sa gestion des contenus (une fois installé, il suffit de naviguer sur toute page présentant un document (livre, revue, article, notice…) pour que le logiciel récupère les données bibliographiques, ainsi que l’URL associée).

Plusieurs modules permettent l’export des notices directement mises en forme dans un document Word. C’est donc cette compétence que j’ai initialement voulu installer dans Lyx (je précise : un Lyx sous mac OSX Lion). Une recherche google plus tard, il s’avère que je ne suis pas le premier à vouloir le faire. Le blog de sympathiques plaisanciers propose donc la marche à suivre (attention, à partir d’ici, anglophobes s’abstenir).

Il faut préalablement télécharger un module d’export et l’installer dans Zotero. On se retrouve alors avec un bouton permettant d’exporter nos références. Capture d’écran 2013-02-27 à 13.40.42

Malheureusement, il faut ensuite lier les deux logiciels via LyXServer et son chemin d’accès (ou pipe). Et c’est là que ça a commencé à se gâter : impossible de trouver ledit chemin vers mon mac (si une âme charitable le connaît, qu’elle l’indique dans les commentaires, elle aura droit à ma sincère gratitude).

Bon, qu’à cela ne tienne, je vais donc prendre un chemin détourné. Zotero permet d’exporter sa bibliographie en format .bib, le format géré par le module biblio de Lyx. À ce compte là, il suffirait de l’exporter et de la télécharger dans Lyx. Ok, essayons.Capture d’écran 2013-02-27 à 13.48.57 Capture d’écran 2013-02-27 à 13.49.04

J’ai donc un document contenant mes données bibliographiques dans un langage lu par Lyx. J’ouvre ledit logiciel, Insertion>Bibliographie BibTex…

Capture d’écran 2013-02-27 à 13.53.18

Je vais ensuite sur Ajouter…>Parcourir…>ma bibliographie>ajouter>ok

Capture d’écran 2013-02-27 à 13.53.18 Capture d’écran 2013-02-27 à 13.54.50

Capture d’écran 2013-02-27 à 13.57.48

Une fois ceci effectué, je vais chercher à insérer une citation : Insertion>Citation et je retrouve Maieul Caraco :

Capture d’écran 2013-02-27 à 13.59.21

Malheureusement, il y a de la casse : l’export à partir de Zotero provoque ces fameux problèmes de formatage :

Capture d’écran 2013-02-27 à 14.04.03

À ce stade, un autre problème surgit : la mise en forme de la bibliographie. Dans le meilleur des mondes, la bibliographie française SHS aurait été préalablement intégrée dans le logiciel. Mais ce monde-ci, Huxley ne le renierait pas : les différents formats bibliographiques natifs ne le permettent pas (sauf Jurabib, mais dont le développement a été stoppé au profit de Biblatex. Qui plus est, il est destiné aux sciences juridiques. Il s’approche de nos normes, mais pas totalement). Il faut donc télécharger le module Biblatex. Et ensuite l’installer sur toutes les machines sur lesquelles on rédige… Et on se retrouve encore une fois devant ce problème de chemins d’accès. Sans compter qu’il faut ensuite paramétrer le style en rentrant dans le code LaTeX pour obtenir l’export dans le bon format bibliographique.

Arrivé à ce stade de l’expérimentation, voici le résumé des problèmes rencontrés :

– problème de chemins d’accès lorsque l’on sauvegarde automatiquement via Dropbox et qu’on rédige sur plusieurs ordinateurs :

– mauvais export de Zotero ;

– impossible de trouver le pipe nécessaire pour lier Lyx à Zotero ;

– nécessité d’installer le pacage Biblatex et de le configurer en bidouillant le code LaTeX.

Là, ça commence à faire beaucoup. Alors comment faire ?

Le mariage de la carpe et du lapin

La solution proposée ici résulte de plusieurs paramètres : je suis en train de rédiger et le temps est une valeur rare ; je suis historien, non formé aux subtilités d’un code que je n’ai pas étudié ; je suis sous mac ; je rédige sur plusieurs ordinateurs via un compte Dropbox.

Voici donc ma solution, facile et sans prise de tête.

Préalablement, j’ai créé une bibliographie Zotero en format RTF (ouverture sur tous les systèmes d’exploitation grâce au Bloc-Note de Windows ou TextEdit sous Mac) via le package EHESS-Histoire disponible sur La Boite à Outils des Historiens :

Capture d’écran 2013-02-27 à 14.48.13 Capture d’écran 2013-02-27 à 14.50.40

J’obtiens un document que j’ouvre avec TextEdit intégrant toutes mes informations bibliographiques mises en forme. Il me suffit de copier la référence, de me rendre dans mon document Lyx, de cliquer sur “Insérer une note de bas de page” :

Capture d’écran 2013-02-27 à 15.00.32

Et y coller ma référence :

Capture d’écran 2013-02-27 à 15.00.45

Seul le style italique a disparu. Il suffit de le rajouter. À l’exportation, la note de bas de page apparaît avec le texte mis en forme :

Capture d’écran 2013-02-27 à 15.00.58

Ce “bidouillage” permet de conserver la force des deux logiciels au prix d’un léger retard par rapport à une bibliographie gérée directement par Lyx. Il est très simple à utiliser ; il offre la faculté de modifier directement dans Lyx la citation sans ouvrir d’autres logiciels ; il procure la même sécurité vis-à-vis des espaces insécables qui sont bien mis en forme. À son débit, il ne permet pas de générer une bibliographie automatiquement. Il faudra pour cela le faire à partir de Zotero (et faire attention au style italique qui saute. Sans doute la constituer au fur et à mesure de la rédaction). La solution n’est pas parfaite, mais elle permet tout de même de se lancer assez vite dans Lyx avec sa bibliographie Zotero déjà réalisée.

Liens :

* Installer le pluging lyx pour Zotero Standalone

* Télécharger le style EHESS-Histoire pour Zotero

* Marche à suivre pour synchroniser Zotero et Lyx

Installer Biblatex

 


Sébastien Poublanc

Docteur en histoire moderne sur la forêt, ingénieur de recherche contractuel humanités numériques au labex Structuration des Mondes Sociaux et rédacteur en chef adjoint du magazine Mondes Sociaux Je blogue sur http://dighistory.hypotheses.org (l'histoire numérique) et sur https://foret.hypotheses.org/ (la forêt & l'environnement). Et je tweet sous le pseudonyme d'@HistorieNumeriq.

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7 réponses

  1. Pach' dit :

    Bjr,
    Je ne sais pas si c’est encore d’actualité mais pour ceux qui cherchent l’info (sur Linux au moins) le “pipe” que j’utilise est “~/Nomdudossierpersonnel/.lyxpipe”
    Ce chemin est à spécifier dans LyZ (le add-on pour Zotero) et dans LyX (Outils>Préférence>Répertoire>Tube du serveur Lyx)
    Pour l’instant ça fonctionne mais je commence à rédiger, des surprises (bonnes ou mauvaises peuvent encore arriver)

    source : http://www.klubko.net/en/lyz/

  2. David Santana dit :

    Bonjour,

    Moi j’utilise Jabref pour ma biblio, et ça marche très bien avec Lyx. Le seul problème étant la mise en forme des citations, j’ai essayé de trifouiller des fichiers .bst, mais ce n’est pas si simple…
    Sinon, je suis intéressé de savoir quel styles, modèles, etc… tu utilises pour Lyx. Je viens de m’y mettre, et je commence à rédiger ma thèse. Du coup pour écrire ça va, c’est le reste pour l’instant qui me pose problème…

    • Sébastien Poublanc dit :

      Bonjour,
      Tout dépend de ta matière. Comme je suis en histoire, j’utilise le style EHESS Hist développé par La boite à outils.
      J’essaie de poster dans la journée un billet sur les styles à utiliser en thèse. Tu es sous mac ou pc ?

      • David Santana dit :

        Je suis sous PC. Le style EHESS Hist est pas mal. Je suis en socio, mais ça correspond à peu près!
        Et pour ce qui est du modèle général du document, tu utilises quoi?

  3. J’avoue mon ignorance totale concernant Lyx (je fais du Latex dans Kile pour ma thèse et du Word partout ailleurs), mais je ne comprends pas pourquoi il faut l’étape intermédiaire du fichier .rtf exporté ? Ca ne marche donc pas avec un quick-copy d’une référence dans Zotero ? – Ctr+Alt+A par défault avec possibilité de choisir le style qui convient dans les préférences de Zotero.

    Et pour le problème d’encodage dans le fichier bibtex (ce qui résoudrait complètement le problème), je pense qu’il vaut la peine d’essayer différents formats à l’export. Pour cela il faut aller dans Préférences de Zotero, puis l’onglet “Export” et ensuite cocher “afficher les encodages à l’export”. Pas besoin de tous les essayer pour les fichiers bibtex – il me semble qu’un des Western-ISO devrait faire l’affaire.

    • Sébastien Poublanc dit :

      On peut aussi le faire par drag and drop. Je ne l’ai pas indiqué parce que j’en ignorais l’existence ! 😉 Merci du tuyau.
      En ce qui concerne l’encodage, j’ai bien affiché les encodages à l’export (bien que sous mac, ce soit plutôt “Afficher l’option de codage de caractères à l’exportation”. Mais sans révéler les différents formats, si ce n’est “format de sortie par défaut”. Et cela ne résoudrait qu’un seul problème, malheureusement…

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